基於尊重自然、保護生態環境，法鼓山在創建之初，便以「心靈環保」為依歸，在盡量不破壞山林本來面目的原則下，進行育樹、溪流整治等工程；並使用環保建材、節能系統，以及雨水再利用等設計，達到資源永續的目的。
因此，法鼓山不僅是修行的觀音道場，各種原生動、植物，更可以在這裡共存共榮、安心繁衍。